Oxford Nanopore PromethION 2
Компактный настольный нанопоровый секвенатор (P2 Solo) с 2 слотами для высокопроизводительных проточных ячеек PromethION. Выход до 290 Гб за запуск. Оптимальная точка входа в высокопроизводительное нанопоровое секвенирование для лабораторий с умеренным потоком образцов.
ООО «Спин Аналитика» не осуществляет продажу оборудования. Платформа является информационно-навигационным сервисом.
Ключевые характеристики
| Тип | Настольный высокопроизводительный нанопоровый секвенатор |
| Форм-фактор | Настольный компактный (P2 Solo), подключение к внешнему компьютеру |
| Время запуска | От 1 минуты до получения первых данных, запуск до 72 часов на ячейку |
| Формат данных | FAST5/POD5 (сырые сигналы), FASTQ/BAM (базколлированные последовательности) |
| Проточные ячейки | PromethION Flow Cell (R10.4.1), 2675 каналов каждая |
| Длина ридов (макс) | Свыше 4 Мб (зависит от качества пробоподготовки) |
| Адаптивная выборка | Да (программный отбор/отклонение молекул в реальном времени) |
| Точность чтения (Q20+) | 99%+ при использовании базколлера SUP (super accuracy) |
| Выход данных за запуск | До 290 Гб (2 ячейки x 145 Гб) |
| Программное обеспечение | MinKNOW (управление прибором), Dorado (базколлинг), EPI2ME (анализ) |
| Технология секвенирования | Нанопоровое секвенирование (одномолекулярное, в реальном времени) |
| Количество проточных ячеек | 2 (PromethION Flow Cell, R10.4.1) |
| Базколлинг в реальном времени | Да, на внешнем компьютере с GPU (P2 Solo) |
Описание
Назначение
Oxford Nanopore PromethION 2 (P2 Solo) - настольный секвенатор начального уровня в линейке PromethION. Прибор использует высокопроизводительные проточные ячейки PromethION Flow Cell с 2675 каналами каждая, что обеспечивает значительно больший выход данных на одну ячейку по сравнению с MinION.
Место в линейке
PromethION 2 - младшая модель линейки PromethION, предназначенная для лабораторий, которым нужна производительность PromethION без затрат на полноразмерную систему. Прибор поставляется без встроенного вычислительного модуля (P2 Solo) и требует подключения к внешнему компьютеру с GPU.
P2 Solo занимает позицию между GridION (5 ячеек MinION, до 250 Гб) и PromethION 24 (24 ячейки, до 3.5 Тб). Две ячейки PromethION генерируют больше данных, чем 5 ячеек MinION, при сопоставимом форм-факторе.
Принцип работы
Технология секвенирования идентична всей линейке Oxford Nanopore. Молекулы ДНК или РНК протягиваются через белковые нанопоры, а характерные изменения ионного тока декодируются в нуклеотидные последовательности. Разница с MinION заключается в масштабе: каждая ячейка PromethION содержит 2675 каналов против 512 у MinION.
Увеличенное число нанопор означает пропорционально больший объём данных за единицу времени. Одна ячейка PromethION генерирует до 145 Гб за 72-часовой запуск.
Позиция на рынке
P2 Solo позиционируется как доступная альтернатива для лабораторий, которым не нужны 24 или 48 ячеек полноразмерных PromethION, но которые переросли возможности MinION и GridION. Прибор конкурирует с PacBio Revio в сегменте длинных ридов и с Illumina NovaSeq X по стоимости за геном при секвенировании человеческого генома.
Области применения
Сравнение с аналогами
GridION Mk1 - настольный секвенатор с 5 слотами для ячеек MinION (512 каналов), суммарный выход до 250 Гб. P2 Solo с двумя ячейками PromethION (2675 каналов) обеспечивает до 290 Гб, превосходя GridION по суммарному выходу при меньшем числе ячеек. GridION предлагает большую гибкость (5 независимых экспериментов) и встроенный GPU. P2 Solo экономичнее по стоимости за гигабазу.
PacBio Revio - стационарный секвенатор на основе технологии HiFi с точностью одиночного рида Q30+ и длиной ридов 15-25 кб, выход до 90 Гб HiFi за запуск (4 SMRT-ячейки). Revio обеспечивает значительно более высокую точность одиночного рида (Q30 vs Q20), но длина ридов ограничена 25 кб против сотен кб и более у ONT. P2 Solo дешевле по стоимости прибора и предлагает больший суммарный выход данных.
PromethION 24 - высокопроизводительный секвенатор с 24 слотами для ячеек PromethION и встроенным вычислительным модулем, выход до 3.5 Тб. PromethION 24 превосходит P2 Solo по пропускной способности в 12 раз и предназначен для геномных центров. P2 Solo значительно дешевле, компактнее и подходит для лабораторий с умеренным потоком от 1 до 10 геномов в неделю.
Частые вопросы
Почему P2 Solo требует внешний компьютер?
P2 Solo - секвенирующий модуль без встроенных вычислительных ресурсов. Базколлинг ячеек PromethION (2675 каналов каждая) требует значительной вычислительной мощности. Oxford Nanopore рекомендует GPU NVIDIA с не менее 12 Гб видеопамяти. Использование внешнего компьютера позволяет снизить стоимость прибора и дать пользователю возможность выбрать оптимальную для своих задач вычислительную конфигурацию.
Можно ли секвенировать геном человека на одной ячейке PromethION?
Да. Одна ячейка PromethION генерирует до 145 Гб, что достаточно для покрытия генома человека (3.1 Гб) приблизительно в 45x. Для стандартного клинического секвенирования (30x) этого более чем достаточно. На двух ячейках можно секвенировать 2 генома человека параллельно или один геном с высоким покрытием (60-90x) для детекции мозаицизма и редких вариантов.
Совместимы ли ячейки PromethION с MinION и GridION?
Нет. Проточные ячейки PromethION и MinION физически различаются и не взаимозаменяемы. PromethION Flow Cell крупнее и содержит 2675 каналов против 512 у MinION Flow Cell. Библиотеки, подготовленные для одной платформы, совместимы с другой (одинаковые адаптеры и протоколы), но ячейки устанавливаются только в соответствующие приборы.
Дополнительные материалы
Коды для госзакупок
Возможные коды ОКПД2 для закупки данного оборудования по 44-ФЗ и 223-ФЗ. Выбор кода зависит от назначения и контекста закупки.
Коды КТРУ регулярно обновляются Минфином и зависят от конкретных характеристик закупаемого оборудования (автоматическое/полуавтоматическое, с охлаждением/без и т.д.). Актуальные коды КТРУ доступны только в Единой информационной системе закупок.
Информация о кодах ОКПД2 носит справочный характер. Коды приведены в качестве примера возможных вариантов классификации данного оборудования. Выбор кода, его соответствие нормативно-правовым актам и целесообразность применения определяются заказчиком самостоятельно. ООО «Спин Аналитика» не несёт ответственности за некорректное применение указанных кодов при осуществлении закупочных процедур.