Oxford Nanopore PromethION 48
Флагманский нанопоровый секвенатор с 48 слотами для проточных ячеек PromethION и встроенным вычислительным модулем. Выход до 7 Тб за запуск. Максимальная производительность в линейке Oxford Nanopore для национальных геномных программ, крупных биобанков и промышленного секвенирования.
ООО «Спин Аналитика» не осуществляет продажу оборудования. Платформа является информационно-навигационным сервисом.
Ключевые характеристики
| Тип | Флагманский высокопроизводительный нанопоровый секвенатор |
| Форм-фактор | Напольный, встроенный вычислительный модуль, Ethernet 10 Гбит/с |
| Время запуска | От 1 минуты до получения первых данных, запуск до 72 часов на ячейку |
| Формат данных | FAST5/POD5 (сырые сигналы), FASTQ/BAM (базколлированные последовательности) |
| Проточные ячейки | PromethION Flow Cell (R10.4.1), 2675 каналов каждая |
| Длина ридов (макс) | Свыше 4 Мб (зависит от качества пробоподготовки) |
| Адаптивная выборка | Да (программный отбор/отклонение молекул в реальном времени, независимо на каждой ячейке) |
| Точность чтения (Q20+) | 99%+ при использовании базколлера SUP (super accuracy) |
| Выход данных за запуск | До 7 Тб (48 ячеек x 145 Гб) |
| Программное обеспечение | MinKNOW (управление прибором), Dorado (базколлинг), EPI2ME (анализ) |
| Технология секвенирования | Нанопоровое секвенирование (одномолекулярное, в реальном времени) |
| Количество проточных ячеек | 48 (PromethION Flow Cell, R10.4.1), независимые слоты |
| Базколлинг в реальном времени | Да, на встроенном вычислительном модуле с GPU |
Описание
Назначение
Oxford Nanopore PromethION 48 - флагманский секвенатор линейки Oxford Nanopore Technologies с максимальной пропускной способностью. Прибор оснащён 48 независимыми слотами для ячеек PromethION Flow Cell (2675 каналов каждая) и мощным встроенным вычислительным модулем.
Место в линейке
PromethION 48 - верхняя граница производительности платформы ONT. Прибор предназначен для крупнейших геномных центров, секвенирующих фабрик, национальных программ популяционной геномики и промышленных приложений.
По пропускной способности PromethION 48 вдвое превосходит PromethION 24 и на порядок превышает GridION. Все модели линейки ONT используют единую технологию и программное обеспечение, различаясь только числом слотов и типом проточных ячеек.
Принцип работы
Технология секвенирования едина для всей платформы Oxford Nanopore. Одноцепочечные молекулы ДНК или РНК проходят через белковые нанопоры, генерируя характерные изменения ионного тока. Нейросетевой базколлер Dorado декодирует сигнал в нуклеотидные последовательности в реальном времени.
48 ячеек по 2675 каналов дают суммарно 128 400 параллельно работающих нанопор. Это обеспечивает суммарный выход до 7 Тб за полный цикл запуска при максимальной загрузке.
Позиция на рынке
PromethION 48 является единственной доступной платформой, сочетающей ультрадлинные риды (свыше 100 кб), нативную детекцию эпигенетических модификаций и терабайтный выход данных. Основные конкуренты: Illumina NovaSeq X Plus (до 16 Тб, короткие риды) и PacBio Revio (HiFi, высокая точность, меньший выход). PromethION 48 обеспечивает стоимость генома человека, конкурентную с платформами коротких ридов, при сохранении всех преимуществ длинных ридов.
Области применения
Сравнение с аналогами
PromethION 24 - та же платформа с 24 слотами вместо 48, выход до 3.5 Тб. Качество данных, проточные ячейки и программное обеспечение идентичны. PromethION 24 дешевле и достаточен для большинства геномных центров. PromethION 48 обеспечивает удвоенную пропускную способность и окупается только при стабильно высоком потоке образцов.
Illumina NovaSeq X Plus - флагманская платформа Illumina для массового секвенирования коротких ридов (2x150 п.н.), выход до 16 Тб на запуск, стоимость генома около 200 долларов. NovaSeq X Plus превосходит PromethION 48 по суммарному выходу данных и стоимости за гигабазу при коротких ридах. PromethION 48 предлагает ультрадлинные риды, нативные эпигенетические модификации, данные в реальном времени и адаптивную выборку.
PacBio Revio - платформа HiFi-секвенирования с точностью одиночного рида Q30+, длина ридов 15-25 кб, выход до 360 Гб HiFi в день. Revio обеспечивает лучшую точность одиночного длинного рида в индустрии. PromethION 48 генерирует риды на порядок длиннее (свыше 100 кб), обеспечивает многократно больший суммарный выход (7 Тб vs 0.36 Тб) и поддерживает прямое секвенирование РНК.
Частые вопросы
Когда PromethION 48 предпочтительнее PromethION 24?
PromethION 48 оправдан при потоке более 50 геномов человека в неделю, при необходимости параллельного запуска множества разных проектов или при требовании минимального времени оборота для крупных партий образцов. Для лабораторий с потоком менее 50 геномов в неделю PromethION 24 является более экономичным выбором с достаточной пропускной способностью.
Какова стоимость секвенирования генома человека на PromethION 48?
Oxford Nanopore заявляет стоимость генома человека (30x покрытие) в диапазоне 200-1000 долларов в зависимости от схемы мультиплексирования и условий контракта. При максимальном мультиплексировании и полной загрузке всех 48 ячеек стоимость приближается к нижней границе. Расходные материалы (проточная ячейка + набор для подготовки библиотек) составляют основную часть стоимости за геном.
Какие требования к инфраструктуре?
PromethION 48 генерирует до 7 Тб данных за полный цикл загрузки. Необходимо сетевое хранилище промышленного класса с подключением 10 Гбит/с Ethernet или выше. Для вторичного анализа рекомендуется вычислительный кластер или облачная инфраструктура. Электропотребление и кондиционирование серверной также требуют внимания при планировании установки.
Дополнительные материалы
Коды для госзакупок
Возможные коды ОКПД2 для закупки данного оборудования по 44-ФЗ и 223-ФЗ. Выбор кода зависит от назначения и контекста закупки.
Коды КТРУ регулярно обновляются Минфином и зависят от конкретных характеристик закупаемого оборудования (автоматическое/полуавтоматическое, с охлаждением/без и т.д.). Актуальные коды КТРУ доступны только в Единой информационной системе закупок.
Информация о кодах ОКПД2 носит справочный характер. Коды приведены в качестве примера возможных вариантов классификации данного оборудования. Выбор кода, его соответствие нормативно-правовым актам и целесообразность применения определяются заказчиком самостоятельно. ООО «Спин Аналитика» не несёт ответственности за некорректное применение указанных кодов при осуществлении закупочных процедур.