MGI CycloneSEQ-WY01
Компактный нанопоровый секвенатор длинных ридов начального уровня. Технология CycloneSEQ для ридов от 10 kb до 1 Mb. Одна высокоплотная проточная ячейка (более 30 000 нанопор), настольный формат. По классификации MGI это высокопроизводительный нанопоровый секвенатор, а не портативный прибор для полевых условий.
ООО «Спин Аналитика» не осуществляет продажу оборудования. Платформа является информационно-навигационным сервисом.
Ключевые характеристики
| Тип | Компактный нанопоровый секвенатор длинных ридов |
| Форм-фактор | Компактный настольный / портативный |
| Время запуска | От нескольких часов (данные доступны в реальном времени) |
| Формат данных | FASTQ, FAST5/POD5 |
| Длина ридов (макс) | До 1 Mb |
| Парный конец (paired-end) | Нет (одномолекулярное чтение) |
| Точность чтения (Q30+) | ~97% raw, 99%+ при консенсусе |
| Мультиплексирование | Да (баркодирование) |
| Проточные ячейки/чипы | 1 слот, высокоплотный массив нанопор |
| Выход данных за запуск | Зависит от проточной ячейки и длительности |
| Программное обеспечение | CycloneSEQ Software |
| Количество ридов за запуск | Зависит от длины ридов |
| Технология секвенирования | CycloneSEQ (нанопоровое) |
Описание
Назначение
MGI CycloneSEQ-WY01 - компактный нанопоровый секвенатор длинных ридов начального уровня из линейки CycloneSEQ.
Место в линейке
WY01 - младшая модель CycloneSEQ, ориентированная на небольшие лаборатории и точечные задачи. Старшая модель CycloneSEQ-WT02 оснащена двумя проточными ячейками и предназначена для более высокой производительности.
Обе модели используют одну и ту же технологию нанопорового секвенирования CycloneSEQ. Разница в количестве ячеек и общем выходе данных.
Принцип работы
Одноцепочечная ДНК протягивается через белковую нанопору при контроле моторного белка. Изменения ионного тока при прохождении каждого нуклеотида регистрируются и преобразуются в последовательность оснований нейросетевым алгоритмом.
Секвенирование происходит в реальном времени. Данные доступны для анализа ещё до завершения запуска.
Позиция на рынке
WY01 анонсирован в 2024 году, доступность запланирована на первую половину 2025. С высокоплотной ячейкой (более 30 000 нанопор) и высокой производительностью WY01 сопоставим скорее с производительными платформами Oxford Nanopore (GridION/PromethION), чем с портативным MinION Mk1C.
MGI расширяет портфель от исключительно short-read (DNBSEQ) в сторону мультиплатформенного подхода.
Ключевые технологии
Нанопоровое секвенирование CycloneSEQ
Модифицированная белковая нанопора в синтетической мембране. Моторный белок контролирует протягивание ДНК через пору со стабильной скоростью.
Каждый нуклеотид создаёт характерный паттерн изменения ионного тока. Нейросетевой алгоритм преобразует сигнал в последовательность с точностью ~97%.
Длинные риды без амплификации
WY01 секвенирует нативные молекулы ДНК длиной от 10 kb до 1 Mb. Амплификация не требуется, что сохраняет информацию о модификациях оснований.
Длинные риды преодолевают повторяющиеся участки генома, недоступные для коротких ридов DNBSEQ или Illumina.
Прямая детекция модификаций
Нанопоровое секвенирование детектирует метилирование (5mC, 6mA) и другие модификации оснований непосредственно из нативной ДНК. Химическая конверсия (бисульфитная обработка) не требуется.
Компактный форм-фактор
WY01 спроектирован как портативный прибор для небольших лабораторий, клинических учреждений и полевых условий. Одна проточная ячейка даёт выход данных, достаточный для целевых задач.
Для кого подходит
- Небольшие исследовательские группы - доступ к long-read секвенированию без крупных инвестиций
- Клиническая генетика - быстрая детекция структурных вариантов
- Микробиология - идентификация патогенов и анализ антибиотикорезистентности
- Метагеномика - полноразмерные маркерные гены (16S, ITS)
- Эпигеномика - прямое определение метилирования в небольших когортах
- Полевые исследования - секвенирование вне стационарной лаборатории
- Учебные лаборатории - обучение студентов принципам long-read секвенирования
Особенности эксплуатации
Программное обеспечение
Управляющее ПО CycloneSEQ выполняет контроль запуска, базколлинг в реальном времени и экспорт данных. Выходные форматы - FASTQ и FAST5/POD5 (сырой сигнал).
Требования к установке
- Форм-фактор: компактный настольный / портативный
- Температура: 18-28°C
- Электропитание: стандартная сеть
- Специальных помещений не требуется
Обслуживание и расходные материалы
Расходные материалы: проточные ячейки CycloneSEQ, набор для подготовки библиотек, промывочные растворы. Калибровка автоматическая при установке ячейки.
Обучение
Базовое обучение занимает 1-2 дня. Подготовка библиотек для нанопорового секвенирования проще, чем для short-read платформ (меньше этапов).
Ограничения
- Одна высокоплотная проточная ячейка (более 30 000 нанопор). WY01 - высокопроизводительная модель линейки CycloneSEQ, тогда как WT02 - двухъячеечный прибор начального уровня с 4096 нанопорами на ячейку (до 50 Гб на ячейку, до 100 Гб на двух). По выходу данных WY01 превосходит WT02, а не уступает ему.
- Точность одиночного рида (~97%) ниже, чем у short-read платформ
- Платформа новая (2024-2025), экосистема протоколов формируется
- Не подходит для крупномасштабного популяционного секвенирования
Области применения
Сравнение с аналогами
MinION Mk1C - автономный нанопоровый секвенатор с встроенным экраном и GPU (Jetson Xavier). Выход до 50 Gb на одной ячейке. MinION Mk1C имеет многолетнюю установленную базу, обширное сообщество и валидированные протоколы. WY01 предлагает интеграцию с экосистемой MGI. MinION Mk1C - проверенный выбор, WY01 - перспективная альтернатива.
WT02 - старшая модель CycloneSEQ с двумя независимыми проточными ячейками. Удвоенная производительность — параллельное секвенирование разные образцы. Для лабораторий с одним-двумя запусками в неделю достаточно WY01, для регулярной загрузки предпочтительнее WT02.
QNome-3841 - ещё один китайский нанопоровый секвенатор. Обе платформы новые и формируют экосистему. WY01 имеет преимущество интеграции с широкой линейкой MGI/DNBSEQ. QNome-3841 - независимый игрок с фокусом на внутренний рынок Китая.
Частые вопросы
Чем WY01 отличается от WT02?
Главное отличие - количество проточных ячеек: WY01 имеет один слот, WT02 - два независимых. Технология секвенирования, точность и максимальная длина ридов одинаковы. WY01 предназначен для небольших лабораторий и целевых задач, WT02 - для более высокой производительности.
Можно ли заменить Oxford Nanopore MinION на CycloneSEQ-WY01?
Функционально оба прибора решают схожие задачи - нанопоровое секвенирование длинных ридов в компактном формате. Однако WY01 - новая платформа с формирующейся экосистемой, тогда как MinION имеет многолетнюю базу протоколов и активное сообщество. Переход целесообразен для лабораторий, уже работающих с MGI/DNBSEQ.
Когда WY01 станет доступен для заказа?
По данным MGI на момент анонса (сентябрь 2024), коммерческая доступность WY01 запланирована на первую половину 2025 года. Сроки могут отличаться в зависимости от региона и регуляторного статуса.
Дополнительные материалы
Коды для госзакупок
Возможные коды ОКПД2 для закупки данного оборудования по 44-ФЗ и 223-ФЗ. Выбор кода зависит от назначения и контекста закупки.
Коды КТРУ регулярно обновляются Минфином и зависят от конкретных характеристик закупаемого оборудования (автоматическое/полуавтоматическое, с охлаждением/без и т.д.). Актуальные коды КТРУ доступны только в Единой информационной системе закупок.
Информация о кодах ОКПД2 носит справочный характер. Коды приведены в качестве примера возможных вариантов классификации данного оборудования. Выбор кода, его соответствие нормативно-правовым актам и целесообразность применения определяются заказчиком самостоятельно. ООО «Спин Аналитика» не несёт ответственности за некорректное применение указанных кодов при осуществлении закупочных процедур.